De acordo com o nº 1 do art.º 4.º dos Estatutos do IE, aprovados pelo Decreto-regulamentar n.º 3/2016, de 28 de março, são ´órgãos do IE:

1. Conselho Diretivo
2. Conselho Consultivo
3. Fiscal único

Compete ao Conselho Diretivo do IE:

• Definir e acompanhar a orientação geral do IE;
• Aprovar os regulamentos necessários à organização e funcionamento do IE;
• Celebrar acordos com outras entidades públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras;
• Aprovar o Plano de atividades, o orçamento e o relatório de Contas;
• Aprovar os documentos de prestação de contas;
• Acompanhar a execução do Plano de atividades e o orçamento do IE;
• Autorizar, nos imites da lei, a realização de despesas e o seu pagamento e zelar pela cobrança e arrecadação das receitas;
• Aprovar o respetivo regulamento interno;
• Aprovar o Plano de formação dos trabalhadores;
• Deliberar sobre quaisquer assuntos que lhe forem submetidos pelos seus membros;

O Conselho Consultivo é o órgão de consulta e apoio na definição das linhas gerais de atuação do IE. Compete o Conselho Consultivo:

• Dar parecer sobre a tarifa;
• Elaborar e aprovar o seu regulamento;
• Elaborar o plano e relatório de atividades;

O Conselho Consultivo é composto por:

• Um representante da Associação Nacional de Municípios de Cabo Verde;
• Um representante do Laboratório de Engenharia Civil;
• Um representante do Instituto Nacional de Gestão do Território;
• Um representante do Departamento Governamental que superintende o IE;
• Um representante da Direção Geral de Viação e Segurança Rodoviária;
• Um representante da Associação dos condutores de transporte pesados;
• Um representante da associação da defesa do consumidor;

O Fiscal único é o órgão responsável pelo controlo da legalidade, da regularidade e da boa gestão financeira e patrimonial do Instituto e de consulta do Conselho Diretivo nesse domínio. Ele exerce as competências previstas na lei,